Ο Γιαν Μλάκαρ αγωνίζεται ως επιθετικός και ομάδα του είναι η Χάιντουκ Σπλιτ, στην οποία παραχωρήθηκε δανεικός από την Πίζα. Στην Εθνική Σλοβενίας Ποδοσφαίρου κλήθηκε για πρώτη φορά το 2021.